Projenin bu aşaması DPT desteği ile Ankara Üniversitesi koordinatörlüğünde Yaygınlaştırılmış Ulusal ve Uluslararası Proje (YUUP) formatında yürütülmektedir. Projede toplam 12 üniversiteden (Ankara, Gazi, Boğaziçi, Doğuş, İstanbul, Uludağ, Dumlupınar, Erciyes, S. Demirel, Niğde, Osmangazi Üniversiteleri ve GYTE) toplam 156 araştırmacı yer almaktadır.
2015 yılında tamamlanması öngörülen bu aşamanın 3 ana hedefi vardır:
1. Doğrusal elektron hızlandırıcısına (15-40 MeV linak) dayalı olarak elde edilecek Serbest Elektron Lazerlerinin (2-250 mikron SEL) ve Bremsstrahlung ışımasının temel ve uygulamalı bilimlerde araştırma amacıyla kullanımını sağlayacak ülkemizin Ar-Ge amaçlı ilk hızlandırıcı tesisini (THM IR SEL & Brems.) inşa etmek,
2. Sırasıyla Fizibilite raporu 2001’de, İçerik Tasarımı raporu 2005’te tamamlanan Türk Hızlandırıcı Merkezi (THM) ile ilgili Teknik Tasarım Raporunu (THM TDR) tamamlamak,
3. Ülkemizin ilk Hızlandırıcı Teknolojileri Enstitüsünü hayata geçirmek.
THM IR SEL & Brems. hızlandırıcı tesisi ve kurulan enstitü Ankara Üniversitesi Gölbaşı kampüsünde toplam 5000 m2 kapalı alan sahip olarak inşa edilmiş binalarda hizmet vermeye başlamıştır. (http://hte.ankara.edu.tr)